Tal como vimos brevemente en la lección anterior, el japonés moderno combina tres sistemas de escritura: kanji, hiragana y katakana. El kanji es la forma principal de notación, pero las partículas, los verbos auxiliares, las terminaciones verbales y algunos adverbios se escriben en hiragana. Las palabras extranjeras, en cambio, se representan con katakana.
El grado de conocimiento de los kanji puede incluso reflejar el nivel educativo de una persona. De hecho, una misma frase puede escribirse solo en hiragana o usando también kanji, según el dominio que se tenga de estos caracteres.
Las palabras que habitualmente se escriben en kanji (漢字) incluyen sustantivos, pronombres, adjetivos, raíces verbales, y también nombres de personas o lugares de países donde se usa la cultura del kanji, como China, Corea del Sur o Corea del Norte.
Se escriben en hiragana (ひらがな) las terminaciones conjugadas de adjetivos y verbos, las partículas gramaticales, las palabras japonesas que no tienen kanji, y los llamados furigana (lectura auxiliar que se coloca sobre los kanji para indicar su pronunciación). Por ejemplo: 日本語.
Las palabras que se escriben en katakana (カタカナ) son principalmente extranjerismos, onomatopeyas y algunos términos técnicos o científicos (como los nombres científicos de especies).
El rōmaji (alfabeto latino) se utiliza en acrónimos e iniciales —como OTAN (acrónimo de "Organización del Tratado del Atlántico Norte")—, así como en nombres japoneses escritos en tarjetas de visita o pasaportes pensados para un contexto internacional. También se usa en nombres de empresas, marcas y productos (como TOYOTA), tanto dentro como fuera de Japón. A veces se emplea cuando una palabra o frase extranjera se inserta directamente en un texto japonés.
Dirección de la escritura
Tradicionalmente, el japonés se escribía en vertical, con las frases dispuestas en columnas de arriba abajo y de derecha a izquierda. Sin embargo, en el japonés moderno también se utiliza la escritura horizontal, al estilo occidental, de izquierda a derecha.

Diferencias tipográficas en las letras
Algunas letras del hiragana y los kanji pueden presentar variaciones ligeras en su forma según la fuente tipográfica utilizada, ya sea en impresión o en pantalla.
En japonés suelen emplearse tres estilos de fuente principales: Gothic, Mincho y Kyōkasho. Algunas letras de hiragana y kanji cambian de forma en función de la fuente empleada.